< p class = "meta"> Af Aimee Chanthadavong | 29. september 2021 | Emne: Innovation
Image : Getty Images
I bestræbelserne på at fremskynde koala-bevaringsarbejdet har University of Sydney (USyd) slået sig sammen med Amazon Web Services for at demokratisere genomdata for 450 koalaer ved at etablere et skybaseret koala genombibliotek .
USyd har i første omgang gjort 96 sekventerede koala -genomer tilgængelige. Det bliver det første af flere partier af de 450 koala -genomer, der vil blive gjort tilgængelige i år.
Formålet med demokratisering af forskningsdataene for USyd er, at dets forskere kan arbejde med forskere og bevaringseksperter for at dele forskningsindsigt, resultater og hurtigere anvende løsninger – noget der ikke tidligere har været muligt som behandling og analyse genomdata kan ofte tage år.
“Den bedste måde at beskytte koala -befolkningen på er generelt at stoppe med at fælde deres træer,” siger USyd Australasian Wildlife Genomics Group, forskningschef Dr. Carolyn Hogg.
“Men så meget som mange af os gerne vil sige, 'lad os bare stoppe med det', skal vi være realistiske. Vi kan ikke stoppe udviklingen. Vi skal finde flere kreative løsninger på disse problemer og ikke være knyttet til værktøjer, vi udviklede i 90'erne. ”
Hun tilføjede, at dataene kunne hjælpe forskere med at sammenligne og forstå mangfoldigheden af koala -arterne.
“Koalaer fra Queensland har en tendens til at være lidt mindre og brunere i farven, mens koalaer i Victoria har en tendens til at være større, grå og luftigere,” sagde Hogg.
“Variationsniveauet havde fået mange forskere til at tro, at der kunne være to separate koala -arter, indtil koala -referencegenomet blev sekvenseret og bevist dette forkert.
“Ved at generere dette nye, bredere genomdatasæt kan vi begynde at stille spørgsmål som: 'Har koalaer, der lever mod vest, genvarianter, som vi ikke ser på østkysten, hvor det er koldere og vådere – så er disse gener potentielt vigtige for at håndtere klimaændringer? '”
Arbejdet mellem universitetet og AWS er en del af AWS Open Data -sponsorprogrammet. Under programmet dækker AWS lagringsomkostninger til datasæt af høj værdi for det videnskabelige samfund og gør det tilgængeligt for at få adgang til og analysere i skyen.
Projektet, der har opbakning fra den føderale regering og New South Wales -regeringen, bygger på tidligere koala -genom -sekventeringsarbejde, som USyd udførte i 2018.
Udnyttelse af AWS -cloud til genom -sekventering er imidlertid ikke nyt for USyd. Sidste år ledede Hogg også anklagen om genomisk forskning for at forhindre den tasmanske djævel i at uddø.
Begge projekter falder ind under USyd's Threatened Species Initiative, som Hogg leder. Projektet blev lanceret i maj 2020 og har genereret ressourcer til 62 arter, som alle i sidste ende vil være tilgængelige på AWS Open Data -sponsorprogrammet.
“Jeg begyndte at arbejde med AWS, fordi jeg havde så mange data, og jeg kunne ikke ikke behandle det effektivt ved hjælp af de lokale it-systemer, vi havde, “sagde Hogg. “Vi var i stand til at reducere dataanalyse fra 10 dage til kun fem timer ved hjælp af AWS. Da jeg indså kraften i at arbejde i skyen, opmuntrede det mig til at gå ud over min biologiske sfære og begynde at finde folk, der arbejder inden for andre felter af ekspertise. ”
Andet koala -bevaringsarbejde udføres i øjeblikket i det sydlige Australien og Queensland, som begge bruger droner til at hjælpe med at give mere præcise skøn over antallet af overlevende koalaer i hver stat.
RELATERET DÆKNING
Murdoch-universitetets forskere udvikler gitter-system-droneteknik til at undersøge dugongsSkalering op på en shoestring, mens borgerforskere analyserer Great Barrier ReefAustralias Ceres Tag, der konverterer husdyr til IoT-enheder Wildlife Watch og Black Mambas: Brug af smartphones og videostrømme til at beskytte dyr
Relaterede emner :
Australien CXO Digital Transformation Tech Industry Smart Cities Cloud 
Af Aimee Chanthadavong | 29. september 2021 | Emne: Innovation