< p class="meta"> Door Aimee Chanthadavong | 29 september 2021 | Onderwerp: Innovatie
Afbeelding : Getty Images
In pogingen om het behoud van koala's te versnellen, heeft de Universiteit van Sydney (USyd) samengewerkt met Amazon Web Services om de genoomgegevens van 450 koala's te democratiseren door een cloudgebaseerde koala-genoombibliotheek op te zetten .
USyd heeft in eerste instantie 96 gesequenced koala genomen toegankelijk gemaakt. Het zal de eerste zijn van verschillende batches van de 450 koala-genomen die dit jaar beschikbaar zullen worden gesteld.
Het doel van het democratiseren van de onderzoeksgegevens voor USyd is zodat de onderzoekers kunnen samenwerken met wetenschappers en natuurbeschermers om onderzoeksinzichten en -bevindingen sneller te delen en oplossingen toe te passen – iets dat voorheen niet mogelijk was als verwerking en analyse genoomgegevens kunnen vaak jaren duren.
“De beste manier om de koalapopulatie te beschermen, is over het algemeen te stoppen met het kappen van hun bomen”, zegt onderzoeksmanager van de USyd Australasian Wildlife Genomics Group, dr. Carolyn Hogg.
“Maar hoe graag velen van ons ook zouden willen zeggen: 'laten we daar gewoon mee stoppen', we moeten realistisch zijn. We kunnen de ontwikkeling niet stoppen. We moeten meerdere, creatieve oplossingen vinden om deze problemen, en niet gebonden zijn aan tools die we in de jaren '90 hebben ontwikkeld.”
Ze voegde eraan toe dat de gegevens onderzoekers kunnen helpen de diversiteit van de koala-soorten te vergelijken en te begrijpen.
“Koala's uit Queensland zijn meestal wat kleiner en bruiner van kleur, terwijl koala's in Victoria groter, grijs en luchtiger zijn,” zei Hogg.
“De mate van variatie had veel wetenschappers doen geloven dat er twee verschillende soorten koala's zouden kunnen zijn, totdat het koala-referentiegenoom werd gesequenced en dit bewees dat dit niet klopt.
“Door deze nieuwe, bredere genoomdataset te genereren, kunnen we vragen stellen als: 'Hebben koala's die in het westen leven genvarianten die we niet zien aan de oostkust, waar het kouder en natter is – zo zijn die genen potentieel belangrijk voor het omgaan met klimaatverandering?'”
Het werk tussen de universiteit en AWS maakt deel uit van het AWS Open Data-sponsorprogramma. In het kader van het programma dekt AWS de opslagkosten voor datasets die van grote waarde zijn voor de wetenschappelijke gemeenschap en stelt deze beschikbaar voor toegang en analyse in de cloud.
Het project, dat wordt gesteund door de federale overheid en de regering van New South Wales, bouwt voort op eerdere koala-genoomsequencing die USyd in 2018 heeft uitgevoerd.
Het gebruik van AWS-cloud voor genoomsequencing is echter niet nieuw voor USyd. Vorig jaar leidde Hogg ook de leiding over genomisch onderzoek om te voorkomen dat de Tasmaanse duivel uitsterft.
Beide projecten vallen onder het Threatened Species Initiative van USyd, dat Hogg leidt. Het project, gelanceerd in mei 2020, heeft middelen gegenereerd voor 62 soorten, die uiteindelijk allemaal beschikbaar zullen zijn in het AWS Open Data-sponsorprogramma.
“Ik begon met AWS te werken omdat ik zoveel gegevens had en ik kon het niet efficiënt verwerken met de on-premises IT-systemen die we hadden,” zei Hogg. “Met AWS konden we de data-analyse van 10 dagen terugbrengen tot slechts vijf uur. Toen ik me realiseerde hoe krachtig het werken in de cloud is, moedigde dat me aan om verder te gaan dan mijn biologiegebied en mensen te gaan zoeken die op andere gebieden werken van deskundigheid.”
Andere koala-beschermingswerkzaamheden worden momenteel uitgevoerd in Zuid-Australië en Queensland, die beide drones gebruiken om nauwkeurigere schattingen te geven van het aantal overlevende koala's in elke staat.
GERELATEERDE DEKKING
Wetenschappers van Murdoch University ontwikkelen grid-system drone-techniek om zeekoeien te onderzoeken Opschalen met een klein beetje terwijl burgerwetenschappers de Ceres Tag van het Great Barrier Reef analyseren, waarbij vee wordt omgezet in IoT-apparaten Wildlife Watch en de Black Mamba's: smartphones en videostreams gebruiken om dieren te beschermen
Verwante onderwerpen :
Australië CXO Digitale Transformatie Tech Industrie Smart Cities Cloud 
Door Aimee Chanthadavong | 29 september 2021 | Onderwerp: Innovatie