< p class = "meta"> Av Aimee Chanthadavong | 29 september 2021 | Ämne: Innovation
Bild : Getty Images
För att påskynda koalakonserveringsarbetet har University of Sydney (USyd) samarbetat med Amazon Web Services för att demokratisera genomdata för 450 koalor genom att etablera ett molnbaserat koala genombibliotek .
USyd har initialt gjort 96 sekvenserade koalagenomer tillgängliga. Det blir det första av flera partier av de 450 koala genomerna som kommer att göras tillgängliga i år.
Syftet med demokratisering av forskningsdata för USyd är att dess forskare kan arbeta med forskare och naturvårdare för att dela forskningsinsikter, fynd och tillämpa lösningar snabbare – något som inte tidigare varit möjligt som bearbetning och analys genomdata kan ofta ta år.
“Det bästa sättet att skydda koala -befolkningen är i allmänhet att sluta fälla deras träd”, säger USyd Australasian Wildlife Genomics Group, forskningschef Dr Carolyn Hogg.
“Men så mycket som många av oss skulle vilja säga,” låt oss bara sluta med det “, vi måste vara realistiska. Vi kan inte stoppa utvecklingen. Vi måste hitta flera kreativa lösningar för dessa problem, och inte förknippas med verktyg vi utvecklade på 90 -talet. ”
Hon tillade att data kan hjälpa forskare att jämföra och förstå koala -artens mångfald.
“Koalor från Queensland tenderar att vara lite mindre och brunare i färgen, medan koalor i Victoria tenderar att vara större, gråa och fluffigare”, sade Hogg.
“Variationsnivån hade fått många forskare att tro att det kan finnas två separata arter av koala, tills koala -referensgenomet sekvenseras och bevisat att detta är felaktigt.
“Genom att generera denna nya, bredare genomdataset kan vi börja ställa frågor som:” Har koalor som bor i väster genvarianter som vi inte ser på östkusten, där det är kallare och våtare – så är dessa gener potentiellt viktiga för att hantera klimatförändringar? '”
Arbetet mellan universitetet och AWS är en del av sponsringsprogrammet för AWS Open Data. Under programmet kommer AWS att täcka lagringskostnaderna för datamängder av högt värde för det vetenskapliga samfundet och göra det tillgängligt för åtkomst och analys i molnet.
Projektet, som har stöd från den federala regeringen och New South Wales -regeringen, bygger på tidigare koalagenomsekvensering som USyd utförde 2018.
Att använda AWS -moln för genom -sekvensering är dock inte nytt för USyd. Förra året ledde Hogg också avgiften på genomforskning för att förhindra att den tasmanska djävulen utrotas.
Båda projekten faller under USyds Threatened Species Initiative, som Hogg leder. Projektet lanserades i maj 2020 och har genererat resurser för 62 arter, som alla så småningom kommer att vara tillgängliga på AWS Open Data sponsorprogram.
“Jag började arbeta med AWS eftersom jag hade så mycket data och jag kunde inte inte bearbeta det effektivt med de lokala IT-system som vi hade, säger Hogg. “Vi kunde minska dataanalysen från 10 dagar till bara fem timmar med hjälp av AWS. När jag insåg kraften i att arbeta i molnet uppmuntrade det mig att gå utöver min biologiska sfär och börja hitta människor som arbetar inom andra områden. av expertis. ”
Andra koalakonserveringsarbeten pågår för närvarande i södra Australien och Queensland, som båda använder drönare för att ge mer exakta uppskattningar om antalet överlevande koalor i varje delstat.
RELATERAD COVERAGE
Murdoch-universitetets forskare utvecklar drone-teknik för grid-system för att kartlägga dugongsSkala upp på en strandsträng medan medborgarforskare analyserar Great Barrier ReefAustralias Ceres Tag som omvandlar boskap till IoT-enheter Wildlife Watch och Black Mambas: Använda smartphones och videoströmmar för att skydda djur
Relaterade ämnen :
Australien CXO Digital Transformation Tech Industry Smart Cities Cloud 
Av Aimee Chanthadavong | 29 september 2021 | Ämne: Innovation