< p class="meta"> Di Aimee Chanthadavong | 29 settembre 2021 | Argomento: Innovazione
Image : Getty Images
Negli sforzi per accelerare il lavoro di conservazione dei koala, l'Università di Sydney (USyd) ha collaborato con Amazon Web Services per democratizzare i dati del genoma di 450 koala creando una libreria del genoma del koala basata su cloud .
USyd ha inizialmente reso accessibili 96 genomi di koala sequenziati. Sarà il primo di numerosi lotti dei 450 genomi di koala che saranno resi disponibili quest'anno.
L'obiettivo di democratizzare i dati di ricerca per l'USyd è che i suoi ricercatori possano lavorare con scienziati e ambientalisti per condividere approfondimenti di ricerca, scoperte e applicare soluzioni più velocemente, qualcosa che in precedenza non era possibile come elaborazione e analisi i dati sul genoma spesso possono richiedere anni.
“Il modo migliore per salvaguardare la popolazione di koala è generalmente smettere di abbattere i loro alberi”, ha detto il direttore della ricerca dell'USyd Australasian Wildlife Genomics Group, la dott.ssa Carolyn Hogg.
“Ma per quanto molti di noi vorrebbero dire, 'smettiamola di farlo', dobbiamo essere realistici. Non possiamo fermare lo sviluppo. Dobbiamo trovare soluzioni multiple e creative per questi problemi, e non essere legati a strumenti che abbiamo sviluppato negli anni '90”.
Ha aggiunto che i dati potrebbero aiutare i ricercatori a confrontare e comprendere la diversità delle specie di koala.
“I koala del Queensland tendono ad essere un po' più piccoli e di colore più marrone, mentre i koala del Victoria tendono ad essere più grandi, grigi e più soffici”, ha detto Hogg.
“Il livello di variazione aveva portato molti scienziati a credere che potessero esistere due specie separate di koala, fino a quando il genoma di riferimento del koala non è stato sequenziato e ha dimostrato che era sbagliato.
“La generazione di questo nuovo e più ampio set di dati sul genoma ci ha permesso di iniziare a porre domande del tipo: 'I koala che vivono a ovest hanno varianti genetiche che non vediamo sulla costa orientale, dove è più freddo e umido, quindi quei geni sono potenzialmente importanti? per affrontare il cambiamento climatico?'”
Il lavoro tra l'università e AWS fa parte del programma di sponsorizzazione di AWS Open Data. Nell'ambito del programma, AWS coprirà il costo dello storage per set di dati di alto valore per la comunità scientifica e li renderà disponibili per l'accesso e l'analisi nel cloud.
Il progetto, che ha il sostegno del governo federale e del governo del New South Wales, si basa sul precedente lavoro di sequenziamento del genoma del koala svolto dall'USyd nel 2018.
Sfruttare il cloud AWS per il sequenziamento del genoma, tuttavia, non è una novità per USyd. L'anno scorso, Hogg ha anche guidato la ricerca genomica per prevenire l'estinzione del diavolo della Tasmania.
Entrambi i progetti rientrano nella Threatened Species Initiative dell'USyd, di cui Hogg è a capo. Lanciato a maggio 2020, il progetto ha generato risorse per 62 specie, che alla fine saranno tutte disponibili nel programma di sponsorizzazione AWS Open Data.
“Ho iniziato a lavorare con AWS perché avevo così tanti dati e potevo non elaborarlo in modo efficiente utilizzando i sistemi IT locali che avevamo”, ha affermato Hogg. “Siamo stati in grado di ridurre l'analisi dei dati da 10 giorni a sole cinque ore utilizzando AWS. Quando ho realizzato la potenza del lavoro nel cloud, mi ha incoraggiato ad andare oltre la mia sfera di biologia e iniziare a trovare persone che lavorano in altri campi di competenza.”
Altri lavori di conservazione dei koala sono attualmente in corso nell'Australia Meridionale e nel Queensland, che utilizzano entrambi i droni per fornire stime più accurate sul numero di koala sopravvissuti in ciascuno stato.
COPERTURA CORRELATA
Gli scienziati della Murdoch University sviluppano la tecnica dei droni con sistema a griglia per sondare i dugonghiScalare con pochi soldi mentre gli scienziati cittadini analizzano il Ceres Tag della Grande Barriera Corallina australiana che converte il bestiame in dispositivi IoTWildlife Watch e Black Mambas: utilizzo di smartphone e flussi video per proteggere gli animali
Argomenti correlati :
Australia CXO Digital Transformation Tech Industry Smart Cities Cloud 
Di Aimee Chanthadavong | 29 settembre 2021 | Tema: Innovazione